Геномные основы деградации тканей байкальских губок за счет свободно живущих флавобактерий с локусами утилизации полисахаридов, ориентированными на гликаны хозяина

Аннотация

В данной работе мы представляем полную последовательность генома штамма Flavobacterium sp. PLB03, выделенного из культуры клеток примморф губки Lubomirskia baikalensis, и сравниваем его с патогенными и свободно живущими представителями рода Flavobacterium. Штамм Flavobacterium sp. PLB03 проявляет выраженную литическую активность в отношении клеток губки, а также вызывает гибель симбиотических микроводорослей (Trebouxiophyceae). Геном Flavobacterium sp. PLB03 имеет длину 5 925 828 п.н. и содержание ГЦ 34,3%. Средняя идентичность нуклеотидов (ANI) 98,9% показала, что штамм Flavobacterium sp. PLB03 имеет наибольшее сходство с Flavobacterium CSZ. Сравнительный геномный анализ штамма и филогенетически родственного рода Flavobacterium показал, что изолированный штамм Flavobacterium sp. PLB03 имеет большой размер генома, характерный для экологического рода Flavobacterium, а соотношение генов пептидаз и гликозидгидролаз составляет 1.8, что позволяет предположить, что штамм Flavobacterium sp. PLB03 обладает характеристиками, сходными с непатогенными штаммами.