Search for putative complete and near-complete genomes of DNA-containing viruses in metagenomes obtained from the Lake Baikal

Потапов, Сергей; Тупикин, Алексей; Тихонова, Ирина; Жученко, Наталья; Белых, Ольга

doi:10.31951/2658-3518-2024-A-4-1050

Авторы

Потапов С.А. ¹
Тупикин А.Е. ²
Тихонова И.В. ¹
Жученко Н.А. ¹
Белых О.И. ¹

¹

²

DOI:

https://doi.org/10.31951/2658-3518-2024-A-4-1050

Ключевые слова:

метагеномика, бактериофаги, высокопроизводительное секвенирование, оз. Байкал, полный геном

Аннотация

В работе представлен анализ предположительно полных и почти полных геномов бактериофагов, извлечённых из метагеномных данных, полученных из образцов ДНК, выделенной из воды оз. Байкал с применением современных биоинформатических программ. Всего было выявлено 73 последовательности длиной от 13,8 тыс. до 163,7 тыс. оснований, принадлежащие фагам класса Caudoviricetes. Обнаружены два контига, принадлежащие предположительно цианофагам длиной 36,8 тыс. и 163,7 тыс. нуклеотидов, причём в последнем идентифицирована ORF длиной 159 аминокислотных остатков сходная с малым белком теплового шока (Hsp20). Анализ идентифицированных в собранных геномах бактериофагов аминокислотных последовательностей по базе данных PHROG выявил, что 27,5% из них имеют неизвестную функцию, в то время как большая часть из имеющих сходство с известными (23,7%) принадлежит категории «ДНК, РНК и нуклеотидный метаболизм». Также в собранных геномах обнаружен ряд вспомогательных метаболических генов (AMG): nadM, cysC, cobS, galE, cobT и др. Большая часть последовательностей, имеющих сходство с последовательностями из базы данных IMG/VR (89,6%) соответствовала последовательностям, полученным из пресноводных водоёмов.