Влияние объема пробы и количества прочтений на результат секвенирования микроэукариотического сообщества из олиготрофного озера

Аннотация

Микроэукариоты играют ключевую роль в водных экосистемах и являются эффективными индикаторами их состояния. Изменения в их численности или разнообразии могут говорить об изменениях в среде обитания. В последние годы, помимо классических методом микроскопии, для мониторинга микроэукариот начали применять метод ДНК метабаркодирования. Для оптимизации метода метабаркодирования актуально установить необходимый объем отобранного образца и глубину секвенирования. В данной работе проведен сравнительный анализ образцов с разным объемом отфильтрованной пробы (50 л, 10 л и 1.2 л), а также разной глубиной секвенирования и влияния этих факторов на разнообразие и таксономический состава сообщества одноклеточных микроэукариот в олиготрофном озере Байкал. Тест ANOSIM показал сходство образцов с разными отфильтрованными объемами. То есть даже небольшого объема пробы для фильтрования (1.2 л) хватает, чтобы выявить высокое разнообразие таксонов, сопоставимое с разнообразием при фильтровании большого объема, 50 л. При большом объеме отфильтрованной пробы по результатам метабаркодирования наибольшее количество прочтений относилось к представителям Ciliophora. Диатомовые и зелёные водоросли были лучше детектированы при меньшем объеме – 10 л и 1.2 л, поэтому для мониторинга микроводорослей этого объема достаточно. Сравнение образцов с разной глубиной секвенирования показало сходные результаты в характеристике доминирующих видов. Разница проявляется в минорных таксонах, некоторые из которых выявлялись только при большем количестве прочтений. Полученные результаты важны для оптимизации мониторинга олиготрофных водоемов с применением метода метабаркодирования.