Тестирование двух типов мембранных фильтров для сбора биомассы при профилировании бактериальных сообществ методом метабаркодирования
DOI:
https://doi.org/10.31951/2658-3518-2024-A-4-888Ключевые слова:
16S рРНК, бактериальные сообщества, метабаркодирование, биоразнообразие, сбор биомассы фильтрованиемАннотация
В связи с быстрым развитием методов оценки биоразнообразия микроорганизмов и профилирования сообществ с помощью метабаркодирования ДНК растет потребность в выявлении ключевых этапов, влияющих на результаты экспериментов. Чтобы обеспечить высококачественные воспроизводимые результаты, необходимо изучить все потенциальные источники систематической ошибки. Хотя биоинформационные конвейеры часто можно исправить и оптимизировать для пересчета результатов, начальные этапы процедуры сбора образцов, потенциально влияющие на последующие результаты профилирования бактериального сообщества, гораздо сложнее исправить без повторения всего эксперимента. Мы исследовали различия в ампликонных профилях бактериальных сообществ, полученных из водных образцов при сборе биомассы с помощью фильтров из разного материала: поликарбоната (PC) и ацетата целлюлозы (CA). Показано, что профили микробных сообществ существенно различаются по биоразнообразию. При использовании PC-фильтров альфа- и бета-разнообразие сообществ было значительно выше. Дифференциальный анализ численности показал обогащение многочисленных цианобактериальных OTU в профилях сообществ, полученных с помощью CA. На основании этих результатов использование PC-фильтров является наиболее оптимальным для профилирования бактериальных сообществ путем метабаркодирования фрагментов гена 16S рРНК.
Загрузки
Опубликован
Выпуск
Раздел
Лицензия
Copyright (c) 2024 Лимнология и биология пресноводных экосистем
![Лицензия Creative Commons](http://i.creativecommons.org/l/by-nc/4.0/88x31.png)
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial» («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная.
Эта работа распространяется под международной лицензией Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0.